Завдання наукової діяльності Миколаївського державного аграрного університету на перспективу:
- інтенсивне нарощування наукової, інноваційної й освітньої діяльності, що відповідає повною мірою міжнародним стандартам якості в конкурентному середовищі; надання наукових, консалтингових і освітніх послуг у регіоні, галузі, країні й за кордоном;
- створення умов для використання науково-технічного потенціалу університету, здійснення постійного моніторингу соціальних, економічних, культурних тенденцій і процесів, забезпечення реального переходу до практики інноваційного шляху розвитку економіки;
- формування умов інвестиційної привабливості університету для фінансування науки, інноваційних розробок і освітніх програм;
- маркетингова оцінка інформаційного, управлінського й фінансового впливу ринкових факторів на різні сфери діяльності університету;
- моніторинг ринку для формування замовлення на підготовку, підвищення кваліфікації й професійну перепідготовку фахівців з урахуванням потреб споживачів на наукові та інноваційні освітні послуги;
- орієнтування наукових досліджень й інноваційних розробок Університету на пріоритетні напрями науково-технологічного прогресу Миколаївської області, Причорноморського регіону, агропромислового комплексу, організація конкурсного відбору перспективних наукових розробок, що мають найвищий науковий та інноваційний потенціал;
- активізація наукової діяльності і поглиблення її взаємодії з навчальним процесом, розширення співпраці з науковими установами Національної та галузевих академій;
- розвиток взаємодії вчених різного профілю у вирішенні комплексних проблем, що є актуальними для різних наукових й інноваційних напрямів і галузей, у тому числі – досліджень інноваційних освітніх технологій у вищій школі.